Τα κεντρικά γραφεία και τα κύρια κτίρια του Ι.ΜΕΤ. βρίσκονται στη Θεσσαλονίκη και συγκεκριμένα εντός των εγκαταστάσεων του Ε.Κ.Ε.Τ.Α. στο Τεχνολογικό Πάρκο Θεσσαλονίκης. Η κατασκευή των νέων γραφείων του Ι.ΜΕΤ. ολοκληρώθηκε το 2009 και αποτελείται από 3 ορόφους και 2 υπόγεια εργαστήρια και χώρο στάθμευσης, πλήρως εξοπλισμένα για να καλύψουν τις συνεχώς αυξανόμενες απαιτήσεις σε προσωπικό και υποδομές.
Το 2017 το Ε.Κ.Ε.Τ.Α./Ι.ΜΕΤ. αποφάσισε να ανοίξει παράρτημα στον Πειραιά με έμφαση στην Έρευνα των Θαλάσσιων Μεταφορών, που θα φιλοξενείται στο Εμπορικό και Βιομηχανικό Επιμελητήριο Πειραιά (Γεωργίου Κασιμάτη 1, Πλατεία Οδησσού, 18531 ΠΕΙΡΑΙΑΣ) υπό την αιγίδα του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας σε στενή συνεργασία με το Πανεπιστήμιο Πειραιά και το Ανώτατο Εκπαιδευτικό Ίδρυμα Πειραιά (Τ.Ε.Ι. ΠΕΙΡΑΙΑ).

Ινστιτούτο Μεταφορών Κεντρικά Γραφεία
6o χλμ. Χαριλάου - Θέρμης
60361
57001, Θέρμη
Θεσσαλονίκη

Παράρτημα Αθήνας
Αιγιαλείας 52
15125
Μαρούσι

Παράρτημα Πειραιά
Λουδοβίκου 1, Πλ. Οδησσού
18531
Πειραιάς

Παράρτημα Ρόδου
Πλατεία Μεγάλου Αλεξάνδρου 7
85100 
Ρόδος