Η Δρ. Αφροδίτη Αναγνωστοπούλου εργάζεται ως Ερευνήτρια Β’ βαθμίδας στο Ινστιτούτο Βιώσιμης Κινητικότητας και Δικτύων Μεταφορών / Εθνικό Κέντρο Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης, επιβλέπει το εργαστήριο της «Οικονομικής – Κοινωνικής Θεώρησης των Συστημάτων Μεταφορών» και εκτελεί επίσης καθήκοντα Αναπληρώτριας Υπεύθυνης του Τομέα για τα Οικονομικά και Περιβαλλοντικά Θέματα – Θαλάσσιες και Αεροπορικές Μεταφορές του Ινστιτούτου. Το ερευνητικό της ενδιαφέρον έγκειται στον τομέα της επιχειρησιακής έρευνας και της οικονομικής των μεταφορών καθώς και της αξιολόγησης των οικονομικών και κοινωνικών επιπτώσεων της λειτουργίας των συστημάτων μεταφορών.
Συμμετέχει σε διάφορα εθνικά και ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα και επιπλέον, διδάσκει από το 2022 ως εξωτερικός συνεργάτης στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα στη Διοίκηση Εφοδιαστικής Αλυσίδας του EPSILON COLLEGE υπό την εποπτεία του Northampton University. Επιπλέον από το 2018 έως το 2022, έχει διδάξει ως εξωτερικός συνεργάτης στο Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Ναυτιλίας του Πανεπιστημίου Πειραιώς. Είναι απόφοιτη του τμήματος Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών, κατέχει μεταπτυχιακό δίπλωμα σε Computer Science από το University College London και τον Δεκέμβριο του 2012 ανακηρύχθηκε διδάκτορας του τμήματος Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών. Είναι μέλος της Ελληνικής Εταιρείας Επιχειρησιακών Ερευνών, του Συλλόγου Ελλήνων Συγκοινωνιολόγων, της Ένωσης Ελλήνων Ερευνητών και του Οικονομικού Επιμελητηρίου Ελλάδος. Επιπλέον, ήταν μέλος της επιτροπής του Εθνικού Κέντρου Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης για την ανάπτυξη του Σχεδίου Ισότητας των Φύλων (2022-2023).
Συνεργάζεται επίσης ως ερευνήτρια με το εργαστήριο Operations Research & Decision Systems Centre του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών. Επιπλέον, Έχει συμπεριληφθεί στο «Who's Who in the World» (2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020) και μελέτες της έχουν δημοσιευθεί σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά (όπως το Transportation Science) και έχουν παρουσιαστεί σε περισσότερα από 30 εθνικά/διεθνή επιστημονικά συνέδρια (όπως στα TRISTAN VII, 1st & 3rd VEROLOG, EWGT2014, EWGT2023, TRA2014, TRA2018, TRA2020, TRA2022, CoDIT2019 & CoDIT2020).